Die SUB Göttingen verfügt über wertvolle historische Bestände in der Theologie und der Religionswissenschaft, mit Schwerpunkten im Bereich der Bibelsammlungen, der Patrologie und der Reformationszeit mit zahlreichen Luther- und anderen Reformationsdrucken (Handbuch der historischen Buchbestände). Der historische Bestand ist durch die Systematik des Bandrealkatalogs (GUK, Systematische Suche bis 1945) sowie durch Schlagwörter inhaltlich sehr tief erschlossen. 

Das Fachreferat Theologie und Religionswissenschaft ist zuständig für den Bestandsaufbau, die inhaltliche Erschließung sowie für die fachliche Beratung bei der Literatursuche und beim Elektronischen Publizieren. Der Bestandsaufbau erfolgt in enger Abstimmung mit der Bibliothek der Vereinigten Theologischen Seminare.

Der gesamte Bestand an Büchern, Zeitschriften und digitalen Dokumenten findet sich im Göttinger Universitätskatalog (GUK) verzeichnet. Die Neuerwerbungen seit 1993 sind durch die Göttinger Online-Klassifikation sowie durch Schlagwörter inhaltlich erschlossen.